合同会社（LLC）の全知識：設立・運営・税務・選び方まで徹底解説

2025年12月17日 最終更新日時 : 2025年12月17日 エバープレイ編集部

概要：合同会社とは何か

合同会社（ごうどうがいしゃ、英語ではLimited Liability Companyに相当することからLLCとも呼ばれます）は、2006年の会社法改正（施行は2006年5月）により導入された会社形態です。有限責任の原則に基づき、出資者（社員）の責任は原則として出資額の範囲内に限定されます。株式会社に比べて設立・運営の手続きが簡素で柔軟性が高く、少人数の事業やスタートアップ、共同事業・家族経営などに適しています。

特徴のポイント

  • 有限責任：社員は出資した金額を超える負担を負わない（原則）。

  • 少人数で設立可能：1人でも設立できる。

  • 設立コストが比較的低い：定款の公証人による認証が不要（株式会社は必要）。

  • 柔軟な内部運営：利益配分や業務執行のルールは定款で自由に定められる。

  • 出資者の権利は株式ではなく「持分」：持分の移転制限を定めやすい反面、外部からの資金調達に制約が出る。

設立手続きの流れと要件

おおまかな流れは以下の通りです。

  • 定款の作成：会社の目的、商号、本店所在地、社員及び社員の出資の内容、業務執行者に関する事項などを定めます。合同会社では定款の公証人認証は不要です。

  • 出資の履行：出資は現金だけでなく現物出資も可能ですが、現物出資には評価や手続き上の注意が必要です。

  • 設立登記：本店所在地を管轄する法務局で登記を行います。登記が完了すると法人格が発生します。

  • 登記後の届出：税務署へ法人設立届出書、青色申告の承認申請書、給与の支払事務所等の開設届出書などを提出します。社会保険・労働保険の加入手続きも必要に応じて行います。

登記の際の登録免許税は一律60,000円（令和時点）で、株式会社の最低額より低額です。

出資・資本金に関する留意点

  • 最低資本金制度は事実上撤廃されているため、1円からでも設立可能です。ただし実務上は信用や運転資金を考慮して一定額を用意することが多いです。

  • 現物出資を行う場合は、出資財産の評価や出資に関する書類作成に注意が必要です。虚偽評価は将来の責任問題になり得ます。

  • 出資の払込は登記事項に関わるため、払込証明となる銀行振込の記録や出資者間の同意書を整備しておくことが重要です。

経営・組織の仕組み

合同会社には取締役会のような必置機関は原則としてありません。社員（出資者）の代表者が業務を執行する形が一般的で、業務執行社員と非業務執行社員という区分を設けることもできます。内部ルールは定款に委ねられ、利益配分や意思決定ルール、社員間の権利義務を柔軟に規定できます。

しかし柔軟さゆえに定款を曖昧にしたまま運営すると意思決定で紛争が起きやすくなるため、設立時に権限や手続き、持分の譲渡制限などを明確に定めておくことが推奨されます。

税務・社会保険上の取り扱い

  • 法人税：合同会社は法人格を持つため、株式会社と同様に法人税が課されます。設立初年度から法人税・地方法人税・事業税の対象となります。

  • 配当と給与：社員が役員報酬を受け取る場合、その給与は法人の損金となります。一方、利益分配（持分配当）は法人からの配当として扱われ、法人課税後に個人の配当として課税されます（二重課税の問題）。

  • 消費税：基準期間（原則は前々事業年度）の課税売上が一定額（現在は1,000万円）を超えると消費税の納税義務が生じます。設立直後でも課税事業者選択の戦略が重要です。

  • 社会保険：常時雇用する従業員がいる場合は社会保険（健康保険・厚生年金）と労働保険の加入が必要です。代表社員の報酬の取り扱いや労働形態によって加入義務が生じますので、具体的な勤務実態に即した対応が必要です。

株式会社との比較（主要ポイント）

  • 設立コストと手続き：合同会社は定款の公証が不要で登録免許税が低く、設立コストが安い。

  • ガバナンス：株式会社は株式を発行して資金調達しやすく、IPOや外部投資を視野に入れた構造設計が可能。合同会社は内部の柔軟性は高いが株式発行ができないためVC投資や上場には不向き。

  • 対外的な信用：一般に株式会社の方が馴染みがあり信用面で有利と見なされる場合がある。ただし業種や相手先による。

合同会社のメリット・デメリット

  • メリット

    • 設立費用・事務負担が小さい
    • 内部ルールを柔軟に設計できる
    • 利益配分を出資比率と別に定めることが可能
    • 有限責任でリスク管理しやすい

  • デメリット

    • 出資持分は株式のように流動性が低い
    • 外部投資家にとって投資回収やexitの仕組みが制約される
    • 対外的イメージで株式会社に劣る場合がある

運営上の実務的な留意点

  • 定款は設立時に慎重に作成する：利益配分、業務執行者の権限、意思決定方法、持分譲渡制限、退社時の評価方法などを事前に定めておくと後の紛争を防げます。

  • 出資の証拠保全：出資金の払込記録や現物出資の評価書類は必ず保管すること。

  • 会計・税務の整備：法人としての会計処理と税務申告の体制を早期に整えること。特に役員報酬の設定や青色申告の承認申請は重要です。

  • 労務管理：代表社員を含む従業員の労働基準法や社会保険の適用を正しく判断すること。誤った判断は追徴やペナルティにつながる可能性があります。

解散・清算の基本

事業を終了する場合は、社員の合意に基づき解散登記を行い、清算人を選任して債権債務の整理・税務申告を行います。残余財産は定款や社員間の合意に従って分配されます。税務上は解散事業年度の申告や清算課税の取り扱いに注意が必要です。

どんな事業に向くか（ケーススタディ）

  • 個人事業から法人化するソロ起業家：コストを抑え法人化したい、意思決定をシンプルにしたいケース。

  • 家族経営や共同経営の小規模企業：利益配分を柔軟にしたい、持分移転を制限したい場面。

  • 特定の取引先向けに法人格が必要なフリーランス：手続きと維持費を抑えつつ法人化したい場合。

設立にかかる費用とスケジュール目安

  • 登記にかかる登録免許税：60,000円（最低額）。

  • 定款作成費用：自分で作れば印紙は不要（電子定款）。司法書士や行政書士に依頼すると報酬が発生します（数万円〜）。

  • 登記申請の準備期間：書類作成から登記完了まで通常1〜2週間程度（準備により変動）。

まとめ：選択のポイントと実務アドバイス

合同会社は設立コストの低さ、内部運営の柔軟性、有限責任といった点で魅力的な形態です。ただし、将来的な資金調達計画や事業拡大（上場や外部投資）を視野に入れる場合は株式会社の方が有利な場面があります。重要なのは、事業のステージ・資金調達の可能性・社員間の関係性・対外的信用の必要性を総合的に見て選択することです。設立前には定款の内容や出資・報酬ルール、社会保険の要否などを専門家（司法書士、税理士、社労士）と確認しておくことを強く推奨します。

参考文献

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