深夜割増賃金の完全ガイド：法的根拠・計算式・実務上の注意点と事例解説

2025年12月29日 最終更新日時 : 2025年12月29日 エバープレイ編集部

はじめに — 深夜割増賃金とは

深夜割増賃金（深夜割増）は、労働基準法に基づき、労働者が深夜に労働した場合に使用者が支払わなければならない割増賃金を指します。深夜割増は労働時間帯の危険性や生活リズムへの影響を考慮して設定されており、労働者保護のために最低限支払うべき賃金が法律で定められています。

法的根拠と適用時間帯

深夜割増賃金の法的根拠は労働基準法（※法令本文は e-Gov 等で確認できます）。深夜労働に対する割増は、法律で定められた最低基準であり、これを下回る取扱いは認められません。

適用される時間帯は原則として「22:00〜翌5:00」です（通説・実務上の取扱い）。この時間帯に実際に労働した時間について、深夜割増の支払い義務が生じます。

割増率（基本ルール）

深夜割増の基本的な割増率は「通常の賃金の25％以上」です。つまり基礎となる通常賃金を100％とすると、深夜労働分は最低でも125％（1.25倍）で支払う必要があります。

なお、深夜割増は他の割増（時間外労働、休日労働）と重複する場合があり、その際は各割増率を加算して計算します。代表的な組合せの例は以下のとおりです。

  • 通常の深夜労働：100％ + 深夜25％ = 125％（1.25倍）
  • 残業（時間外）と深夜が重なる場合：100％ + 残業25％ + 深夜25％ = 150％（1.5倍）
  • 法定休日労働と深夜が重なる場合：100％ + 休日35％ + 深夜25％ = 160％（1.6倍）

（※ 残業や休日の割増率は原則として残業25％、法定休日35％等。企業規模や法改正等により一部調整があるため、具体的な数値は都度確認してください。）

計算の実務：時間給・月給ケースの具体例

深夜割増の計算は、基礎賃金（1時間当たりの賃金）に割増率を乗じて行います。代表的なケースを示します。

  • 時間給労働者の例：時給1,000円で23:00〜2:00（深夜3時間）を勤務した場合
    深夜賃金 = 1,000円 × 1.25 × 3時間 = 3,750円
  • 残業深夜の例：通常労働時間を超えた23:00〜2:00（3時間）が残業である場合（残業25％と深夜25％の合算）
    賃金 = 1,000円 × 1.5 × 3時間 = 4,500円
  • 月給（固定給）から時間給を算出して計算する例：月給30万円、1か月の所定労働時間を160時間とする場合
    1時間当たりの基礎賃金 = 300,000円 ÷ 160時間 = 1,875円
    深夜1時間の賃金 = 1,875円 × 1.25 = 2,343.75円（給与体系により端数処理のルールを適用）

ポイントは「基礎賃金の算定方法を明確にしておくこと」です。所定労働時間の設定（事業所ごと）や月給からの按分方法は就業規則や労使合意で明確にしておくと実務上のトラブルを避けられます。

端数処理・計算の注意点

割増賃金を計算する際は小数点以下の端数処理が問題になります。法律上の細かな端数処理の定めはないため、就業規則や賃金規程で事前に定め、従業員に周知しておくことが重要です。一般的には「1円未満は切り捨て／四捨五入／1円未満は1円切上げ」などのルールを使用しますが、不公正な処理（従業員に不利な恣意的処理）は避けるべきです。

深夜手当と既支給手当の関係（労使合意での調整）

事業場によっては「深夜手当」を別途支給しているケースがあります。重要なのは、既支給の手当で法定割増分（最低25％）以上を満たしているかどうかを判断することです。既支給手当で深夜割増の最低基準を満たしていれば追加支払いは不要ですが、満たしていない場合は不足分を追加で支払う必要があります。

そのため、給与体系を設計する際は「通常賃金との関係」「既払い手当の性質（固定的手当か否か）」を整理し、就業規則や労使間の明確な合意を持つことが大切です。

適用対象と例外・特殊な取扱い

深夜割増は原則としてすべての労働者に適用されます（正社員、アルバイト・パート、契約社員等を問わない）。ただし、次のような特殊ケースでは取扱いに注意が必要です。

  • 宿直・宿泊業務：睡眠時間中の賃金算定や待機時間の扱いが問題となる。実労働時間のみ深夜割増の対象となる点に留意。
  • 交替制勤務（シフト制）：深夜にまたがるシフトの場合、該当時間帯の分だけ割増適用。
  • 在宅勤務・テレワーク：実際に労働した時間帯が深夜に該当すれば適用される。
  • 管理監督者：労働基準法上の「管理監督者」に該当すると割増の適用除外となる場合があるが、該当要件は厳格であり、形式的な役職名だけでは認められない。

36協定（サブロク協定）との関係

時間外労働を行わせるためには労使協定（いわゆる36協定）を締結して労働基準監督署に届出る必要がありますが、これはあくまで時間外労働そのものを許容するための手続きであり、割増賃金の支払義務を軽減するものではありません。深夜割増の支払いは36協定の有無にかかわらず発生します。

記録保存と監督署対応

労働時間や賃金に関する記録は法令に基づき保存が求められます。実務上、労働時間の記録（タイムカード等）や賃金台帳はトラブル発生時の重要な証拠となるため、適切な記録管理と保存期間の遵守が必要です。一般に労働関係書類の保存期間は原則として3年間とされている場合が多く、詳細は厚生労働省の指針等で確認してください。

よくあるトラブルと対応策

以下は実務で頻繁に見られるトラブルとその対応ポイントです。

  • 未払い・過少払い：深夜に働いたにも関わらず割増が計上されていないケース。労働時間の記録と給与明細を突合して不足分を清算する。発覚時点で速やかに是正すること。
  • 既支給手当との重複：深夜手当名目で固定手当を支給しているが、実際の深夜割増最低額を下回る場合は差額を追加支給する必要がある。
  • 端数処理の不統一：従業員ごとに端数処理方法が異なると不満の原因となるため、賃金規程で統一的な処理方法を定め、就業規則で周知する。

給与計算システム導入時のチェックポイント

給与システムを導入・運用する際は次の点を確認してください。

  • 深夜時間帯（22:00〜5:00）の判定ロジックが正確か
  • 残業・休日と深夜の割増が重複した場合の割増率加算が正しく計算できるか
  • 月給者の時間換算ルール（所定労働時間の設定）をシステムに反映しているか
  • 端数処理ルールが就業規則と一致しているか

実務上のアドバイス（労務管理者向け）

  • 就業規則・賃金規程を明確化し、深夜割増の支払基準と端数処理を明文化する。
  • 深夜労働が常態化している職場は健康管理（労働時間の上限管理、産業医との連携等）も併せて実施する。
  • 給与明細には深夜労働時間と深夜割増額を明示して、透明性を確保する。
  • 労働基準監督署の指導や判例の動向を定期的に確認し、法改正に対応する。

まとめ

深夜割増賃金は労働者の生活と健康を守るための重要な制度です。適正な計算と支払いを行うためには、法的基準を押さえるとともに、就業規則や賃金規程の整備、正確な勤怠記録の管理、給与システムの設定が不可欠です。問題が発生した場合は早期に是正し、再発防止策を講じることが企業の信頼維持にもつながります。

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